La costruzione della chiesa di S. Antonio, annessa al Convento risale al XVI secolo. Fu infatti nel 1588 che, durante il periodo quaresimale, il Vicario generale dell'Ordine francescano Padre Gerolamo da Polizzi, in visita ai Conventi Lucani, propose l'erezione di un Convento in questo territorio. La proposta fu accolta con grande entusiasmo dai picernesi che seppero testimoniare la loro devozione al Santo di Assisi, offrendo quanto ognuno poteva per rendere possibile la realizzazione dell'opera. Due anni dopo, nel 1590 si iniziarono i lavori, con l'approvazione del Vescovo Sebastiano Barnaba. In origine la chiesa fu costruita con una sola navata ed un solo altare centrale, dedicato a San Francesco. Seguì, nel secolo XVII, l'erezione di tre cappelle sul lato sinistro della navata principale e di altri locali sovrastanti la struttura del convento. Dal terremoto del 1857 il chiostro fu notevolmente danneggiato. In conseguenza poi delle vicende politiche, legate al dominio napoleonico prima ed all'Unità d'Italia dopo, fu dapprima limitato il numero dei frati e poi, in seguito alle leggi del 1861 e del 1866, il Convento fu definitivamente chiuso. I cappuccini rimasti vennero destinati al Convento di Marsiconuovo. Successivamente, ad evitare malcontento tra il popolo, si provvide a Picerno come pure a Vietri ed a Balvano a riaprire al culto la chiesa dei conventi soppressi.
